Приходит курьер с диском, диск втыкается в комп админа, обновления копируются сначала на админский комп, затем эта папка монтируется на сервере и начинается обновление.

Скрипт (cmd) нужно запускать с повышенными правами на сервере, где установлен Гарант.

net use Z: "\\admin3\garant\GARANT"
pause
E:\Garant\datasetup.exe
pause
net use Z: /delete

Чтобы Гарант при запуске обновления сам нашёл дистрибутив в подмонтированной папке, файлы там должны выглядеть так:

Если выходит окно с предупреждением

нужно выйти из программы установки и вместо datasetup.exe запустить f1setup.exe, также с повышенными правами.

Можно, наверное, сделать два разных скрипта, но оболочка обновляется нечасто.