Этапы прохождения логов во Флюенте:
Source → Format → Output

Для каждого этапа есть свои плагины, т. е., для сбора из разных источников (файлы, systemd и т .п.), форматирования/дополнения/тэгирования и отправки в разные системы (например, Elasticsearch).

Как настроить централизованное логирование для Docker Swarm с помощью Fluentd: https://cloud.vk.com/docs/cases/cases-logs/case-swarm
Docker Fluentd logging driver: https://docs.docker.com/config/containers/logging/fluentd/
Docker Setup Monitoring: https://www.frederikbanke.com/docker-setup-monitoring/